胃肠外科前身系1895年成立的普通外科，于2016年独立成为胃肠外科。目前全科共有医生11人（含硕士研究生4人），其中主任医师2人、副主任医师4人、主治医师3人、住院医师3人。

科室位于七里院区住院部13楼，开设床位63张，科室有胃肠外科疾病、疝和腹壁外科疾病、血管外科疾病三大专业，每年收治住院病人2200余例，完成胃、肠、阑尾、腹股沟疝、腹壁、血管外科及其他普通外科手术1800余例。科室常年在七里院区门诊三楼外科病区开设专科门诊（含伤口造口门诊），年门诊量近15000例。

目前科室阆中市普外科质量控制中心主委单位、中国疝病专科联盟疝病治疗中心，有四川省基层卫生拔尖人才1人，阆苑名医工作室1个。科室多次派送医护人员前往四川大学华西医院、陆军军医大学附属西南医院、四川省人民医院、四川省肿瘤医院、川北医学院附属医院进修培训学习，同时每年轮流外出参加国内各种学术会议，确保科室医疗技术水平紧跟国内前沿。